Mặc dù có nhiều khó khăn cho giáo hội của mình tại Hoa lục trong sáu mươi năm qua, Vatican vẫn giữ lập trường là không thỏa hiệp với CPCA về một quy chế độc lập trong tổ chức tôn giáo[2].

Sự căng thẳng luôn việc tấn phong Giám mục tại Hoa lục, đây là những khó khăn quan trọng giữa Tòa Thánh và Bắc Kinh. CCPA muốn tự quyết định việc tấn phong này mà không cần đến sự chuẩn y của Giáo hoàng. Còn Tòa Thánh thì chỉ cho phép tấn phong Giám mục khi đương sự có sự đồng ý của Giáo hoàng mà họ gọi đó là sự "hiệp thông". Tòa Thánh còn nhấn mạnh, việc tự tấn phong Giám mục về bản chất "là bất hợp thức nhưng thành sự". Vấn đề cần tháo gỡ là làm thế nào mà đương sự vừa có sự công nhận của Bắc Kinh vừa có sự chuẩn y của Tòa Thánh. Và thông thường, các đương sự có ba khuynh hướng:

• tự tấn phong Giám mục theo ý của CCPA, không cần chuẩn y của Giáo hoàng. Phản ứng lại, Tòa Thánh tuyên bố rút phép thông công đương sự và những ai tham gia vào việc tấn phong này (theo điều 1382 của Giáo luật Công giáo).
• đương sự được Giáo hoàng chuẩn y và tổ chức tấn phong Giám mục mà Bắc Kinh chưa ưng thuận. Phản ứng lại, Bắc Kinh tuyên bố không công nhận đây là Giám mục, có thể đương sự sẽ gặp nhiều khó khăn từ chính quyền.
• CCPA đề xuất tấn phong một Giám mục theo ý họ. Đương sự sau khi đã được tấn phong thì nhanh chóng liên lạc với Tòa Thánh để tỏ bày được Tòa Thánh xem xét hòa giải và nối lại sự hiệp thông. Đây là khuynh hướng được nhiều Giám mục lựa chọn. Thống kê cho thấy, khoảng 90% Giám mục do CCPA tự tấn phong đã làm điều này[3].

Còn các giáo sĩ, tu sĩ và giáo dân không chấp nhận gia nhập CPCA vẫn tiếp tục sinh hoạt tôn giáo bí mật ngoài vòng pháp luật, nên thường được gọi là "Giáo hội Thầm lặng"[3] hoặc "Giáo hội Hầm trú"[4][5] (地下教会: "Địa hạ giáo hội" nghĩa là "Giáo hội trong lòng đất"). Người ta ước lượng hiện nay tại Hoa lục có khoảng từ 10 đến 12 triệu người Công giáo, trong số đó có khoảng 5 triệu người thuộc Giáo hội Hầm trú, số còn lại theo CPCA. Tại cấp giáo xứ, có nơi, số tín hữu chia làm hai nhóm, một số theo Giáo hội Công giáo Rôma và một số theo CPCA.